В 1938 году Николай Ежов сообщил жене о своём желании расторгнуть брак. Для неё это стало большим ударом. В тот же период близкие друзья Евгении были арестованы, а она сама получила анонимное письмо с обвинениями в шпионаже. В результате психическое состояние Евгении сильно ухудшилось, и её поместили в санаторий «Воровский» для лечения психоневроза. Там она совершила самоубийство, выпив паковку таблеток.