Никто точно не знает, какую роль Годунов сыграл в смерти Ивана, но уже к 1585 году он стал единоличным главой российского правительства и фактически правил вместо следующего царя, Фёдора Иоанновича. Царь Фёдор не мог править страной самостоятельно — его считали умственно отсталым. В любом случае, Фёдор добровольно передал бразды правления Борису Годунову.
Большинство государственных действий Годунова были очень успешными
Став «теневым правителем» России, Годунов не почил на лаврах, а, напротив, проявил значительную активность. Во-первых, он стимулировал строительство городов-крепостей на границах России — все эти крепости помогали защищать материк от грабительских набегов татарских кочевых племён с юга России. В 1604 году в Сибири был основан Томск. Но Годунов также приказал благоустроить и защитить центральные российские города.