Со второй женой, актрисой Марией Луговой, Сергей познакомился в 2012 году: тогда Мария приезжала с гастролями Александринского театра в Москву, в ТЮЗ, где работал Лавыгин. Предложение руки и сердца Сергей сделал Марии в Париже — на смотровой площадке Эйфелевой башни. Они поженились 25 января 2020 года. 31 июля 2022 года у пары родилась дочь Марта, а 5 октября 2024 года — сын Андрей.
